1616年（明萬曆四十四年），努爾哈赤建立王朝稱汗，國號金，史稱後金，定都於赫圖阿拉（後改稱興京，在今中國遼寧省新賓縣境內）。1636年（明崇禎九年），清太宗皇太極改國號為大清，改元崇德，稱帝。1644年，李自成率領的農民軍攻陷北京，明朝崇禎皇帝自殺於皇城後的景山，李自成在北京建立了大順。由於鎮守山海關與統制關寧鐵騎的吳三桂與李自成談判失敗，吳三桂遂答應了清朝攝政王多爾袞的條件，聯合清軍入關打敗李自成的農民軍，隨後多爾袞迎順治帝入關，並遷都北京，成為中國的實質統治者。
1911年（宣統三年）辛亥革命爆發後，各省紛紛宣布獨立。末代皇帝溥儀於1912年2月12日退位，清朝正式滅亡。自入關以來，清朝共歷十帝，享國祚268年。
清朝歷史
後金王朝的建立
女真族是滿族的前身，一直居住在滿洲，即今中國東北。明太祖時，明朝欲壓抑北元殘餘勢力，於是在滿洲一帶設立遠東指揮使司，開始著手控制女真部的各個部落。
女真族建州部猛哥帖木兒（努爾哈赤六世祖）時為明朝建州衛左都督，北方的部族勢力強大，南下壓迫建州女真。猛哥帖木兒被殺，建州部被迫南移，最終定居於赫圖阿拉。
南移後，建州女真部與明朝交往密切，建州部社會生產力提高，經濟繁榮，八旗制度隨即建立，而此時正是努爾哈赤任明朝建州部首領。1583年（明萬曆十一年）努爾哈赤襲封為指揮使，以祖、父遺甲十三副，相繼兼倂海西女真部，征服東海女真部，統一了分散在滿洲各地的女真各部。
1616年（明萬曆四十四年），努爾哈赤在赫圖阿拉稱汗，建立大金（史稱後金），改元天命。
1618年（天命三年，明萬曆四十六年），努爾哈赤公布名為「七大恨」的討明檄文，起兵反明。
清朝建立和入關
該金罐製於清代，約為{乾}隆年間。現收藏於美國首都華盛頓之史密森尼博物館1626年，努爾哈赤在寧遠戰役中被明軍的大炮打成重傷，不久逝世。第八子皇太極繼位。
1636年，皇太極在瀋陽稱帝，改國號為大清，改元崇德，清朝正式建立。1643年皇太極病死，第九子福臨繼位，是為清世祖順治帝。
1644年，李自成農民軍推翻明朝，明思宗自殺。吳三桂引清兵入關。同年（順治元年），多爾袞迎順治入關，於北京再次即位，並定都北京。清廷聯合了漢將吳三桂、耿仲明、尚可喜、孔有德等先後鎮壓了各地的農民軍和南明朝廷的軍隊。在清廷控制全中國的過程中，由於作出了剃髮易服的規定，所以在中國一些地區遭到了武裝抵抗，導致了清兵的血腥鎮壓，尤其以江南一為盛。此外鄭成功還在1661年攻下了當時為荷蘭東印度公司殖民地的台灣來做為他抗清的基地。清朝為加強對鄭氏的作戰，一度行海禁，將沿海居民遷入內地。清朝統一台灣后，才解禁。
康（雍）乾盛世
主條目：康乾盛世
清初，為緩和階級和民族矛盾，實行獎勵墾荒、減免捐稅的政策，內地和邊疆的社會經濟都有所發展。
清聖祖康熙帝8歲即位，在位達61年，是中國歷史上在位時間最久的皇帝。在位期間，擒鰲拜，掃除吳三桂等三藩之亂，平定台灣的明鄭政權、平定漠西蒙古準噶爾叛亂，打敗沙俄侵略，簽訂維護了黑龍江南北領土的《尼布楚條約》，並編纂了《古今圖書集成》和《康熙字典》等。康熙去世後，亟思振作的清世宗雍正帝即位，他以有效的辦法成功地打擊貪腐，整頓經濟，推行改土歸流，因平叛而納入青海省。繼位的清高宗乾隆帝則編纂《四庫全書》，建造圓明園，正式統一了天山南北（新疆）並且稱自己為十全老人，認為自己有十大武功，是歷史上唯一一位在沒有任何人逼迫下自動退位的皇帝，但其六次遊江南普遍被認為是導致清朝由盛轉衰的主因。至18世紀中葉，清朝經濟發展達一個歷史上的新高峰，人口也大大增加，史稱「康乾盛世」或「康雍乾盛世」。雍乾二帝由於出於統治威懾，屢興時人所詬病的文字獄。其中，有些很可能只是牽強附會，但統治者發現后均採取了嚴格的懲罰措施，而且涉及面往往很廣，凡是這個「大逆不道」的犯人的家屬，只有處死充軍、流戍、入官這幾個下場。後果是許多無辜的書籍為了安全也被統統燒掉。一般認為文字獄的盛行壓制了人民的思想。
清朝景德镇的瓷器商号
清朝景德鎮的瓷器商號也有一種歷史觀點認爲，所謂康乾盛世是戰亂引起的破壞後習慣性恢復，其經濟規模在世界的總比例上並未明顯超過明朝末期。明朝後期和康乾盛世之後中國的國內生產總值分別為960億美元（1600年）、2286億美元（1820年），都佔世界的百分之三十左右。有些人根據近代某些民國時期的國學大師和歷史學家和外國人的著作看來，認為所謂康乾盛世只是清政府刻意粉飾出來的假象，並不能與漢唐盛世相提並論。但亦有人指出上面的中國國內生產總值如從絕對數量來看，從1600年的960億美元猛增至1820年的2286億美元，達到前者的2.4倍，也可以反映出康乾盛世時經濟的高速增長。而持相反論點的人則認為，進行經濟方面的比較只能縱向而不能橫向，如若220年時間里絕對經濟增長為零，那將是災難。況且西方國家在這兩百多年時間里的經濟總量成長絕對不止2.4倍。更深層次考慮，明末人口約為一億，而1820年的清朝人口已經接近四億。以平均國內生產總值的角度來看，這並非增長，反而是大踏步倒退。另外，雙方對清代的耕地面積也存在爭議，一種觀點認為終清一代耕地面積始終無法超越明末，但另一種觀點則認為清代經過大規模的墾荒運動后，其耕地面積已數倍于明代。
近代時期
清朝從乾隆末年開始有衰落的現象，政治日漸腐敗。繼位的嘉慶帝和道光帝也失去了早期君主銳意進取的精神，掌政風格日趨保守和僵化。19世紀上半葉，英國開始大量向中國販售鴉片導致道光二十年(1840年)第一次鴉片戰爭的爆發。鴉片戰爭失敗后，繼位的咸豐帝所面對的時局是西方列強開始入侵，迫使清政府與其締結了一系列不平等條約，第一個是因為輸掉鴉片戰爭所簽的《南京條約》、接著因亞羅號事件和西林教案造成第二次鴉片戰爭輸掉而簽的《天津條約》和《北京條約》等。根據這些條約，清政府被迫割地賠款、開放通商口岸，清廷的威信一落千丈，同時中國也自此逐步淪為半殖民地，主權受到嚴重損害。由於人民的負擔逐年加重，因此引發了一系列的反抗運動，其中規模最大的是1851年爆發的太平天國運動，甚至一度對清朝的統治構成了嚴重挑戰。
為挽救自身命運並增強國力，清政府內部的有識之士遂展開了維新運動，試圖革新圖強，其中最為著名的是自1860年代開始的洋務運動。隨著洋務運動的開展，全國各地開始先後引入國外科學技術，開設礦業、工廠，建設鐵路、架設電報網，修建新式學校、培訓技術人才；同時也成立了新的軍事工業，逐步改進清軍的武器裝備和作戰方法。
洋務運動使得清朝的國力有了一定程度的恢復和增強，到慈禧太后與恭親王聯合執政的同治年間，清朝在文武齊心合力之下，一度出現了較安定的局面，史稱「同治中興」。其間清朝在西方人的幫助下成功消滅太平軍、平定捻軍之亂，並收復新疆，在國際上的地位和形象因此有相當大的改善。至1880年代，清朝軍隊的裝備和洋務運動之前相比已有了明顯的提高；在1884年至1885年中法戰爭期間的一系列戰役中，清軍和法軍互有勝負。戰後，清朝設立了海軍衙門，並建成了近代海軍艦隊--北洋水師。
洋務運動雖取得了很大的成果，但是由於時人多數未明當代的國際形勢，少數人的急迫性並無法改變多數官僚的舊思維，清朝的維新運動最終未達日本明治維新般的成效，結果導致1894年中日甲午戰爭的失敗，並於1895年與日本簽定《馬關條約》。隨後，由光緒帝與梁啟超和康有為領導發動的政治改革運動：戊戌變法又因為慈禧太后和保守派的反對，而軟禁了光緒帝，變法因此失敗，因為只有103天，因此又稱為「百日維新」。
19世紀末，中國國內的排外情緒開始高漲，結果在慈禧太后的縱容下引發義和團運動仇殺洋人，因此造成八國聯軍的入侵。1901年因此而簽訂了喪權辱國的《辛丑條約》。慈禧太后為了籠絡人心，開始推行「新政」，進行了包括建立新軍、廢除科舉在內的一系列改革。不久，中國發生了立憲與革命的改革路線之爭，一開始立憲派佔上風，清政府也答應實行立憲，並於1908年頒布了《欽定憲法大綱》，以確立君主立憲制政體。不過，1911年5月組成的「責任內閣」中的大多數成員為皇族身份，故被稱為「皇族內閣」，結果引發立憲派的不滿和失望。同年10月，武昌起義爆發，各省隨後紛紛宣布獨立，清朝的統治開始走向瓦解。清政府任命北洋新軍統帥袁世凱為內閣總理大臣，成立內閣並統領清軍。但他一方面以武力壓迫革命軍（陽夏戰爭），另一方面卻暗中與革命黨人談判。清帝于1912年退位，標志著中國兩千多年來的君主制度的正式結束。到1917年張勛又曾復辟清朝，但只持續了12天。
政治制度
努爾哈赤起兵時實行的是軍民合一的八旗（分滿洲八旗、蒙古八旗、漢軍八旗）制度，政治權力集中於王公貴族，重大決策由貴族共同討論決定，是為滿洲議政王大臣會議。後皇太極於天聰五年（1631年）仿明朝制度設立六部，試圖逐漸削弱滿洲貴族權力。皇帝試圖實行中央集權的努力主要集中於清朝前期。
清朝設六部（吏、戶、禮、兵、刑、工），各部長官稱尚書，副長官稱侍郎，以前尚書均由滿人擔任，順治元年（1644年）規定尚書及侍郎滿、漢各一，但實權依然掌握在滿尚書之手。在六部之外和六部並立的中央行政機構有：大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、國子監、欽天監、翰林院、太醫院、理藩院、宗人府、詹事府、內務府、都察院。清朝官員等級分「九品十八級」，每等有正從之別，不在十八級以內的叫做未入流，在級別上附於從九品。
順治七年（1650年），順治皇帝對八旗制度進行改革，由自己親自掌握正黃、鑲黃、正白三旗，形成了「上三旗」和「下五旗」，改變了以前八旗由不同王公掌握的局面，同時加強上三旗的實力，滿洲議政王大臣會議的權力有所削弱。
康熙十六年（1677年）康熙皇帝設立南書房，起初是康熙帝為了與翰林院詞臣們研討學問，吟詩作畫而設。因在乾清宮西南角特辟房舍故名南書房。由於南書房「非崇班貴檁、上所親信者不得入」，所以它完全是由皇帝嚴密控制的一個核心機要機構，隨時承旨出詔行令，這使南書房「權勢日崇」。南書房地位的提高，是康熙帝削弱議政王大臣會議權力，同時將外朝內閣的某些職能移歸內廷，實施高度集權的重要步驟。
雍正七年（1729年），清軍在西北與準噶爾蒙古激戰，為及時處理軍報雍正皇帝始設軍機房，雍正十年改稱軍機處。乾隆皇帝即位後服孝，安排數位「總理事務王大臣」進入軍機處，故改名總理事務處。乾隆二年（1737年）乾隆服滿親政，總理事務王大臣等自請罷職，恢復軍機處名稱，自此遂成定製，軍機處成為直接對皇帝負責的核心權力機構，滿洲議政王大臣會議的地位更被削弱至幾乎可忽略不計，政治權力全部掌握在皇帝手中，成為清代中央集權制度的頂峰。直至宣統三年（1911年）四月初十清廷宣佈成立「責任內閣」，軍機處廢止。
總督制擴權實授的設立及軍機處的設立是清帝國的政治發明。對18、19世紀各帝國主義大國設立殖民地總督制統治及設置國安會機構有重要影響。
清朝疆域
康熙时期的扩张康熙時期的擴張
18世纪的清朝以及部分朝贡国
18世紀的清朝以及部分朝貢國
1759年（乾隆二十四年）清朝統一全國后的疆域是：北起蒙古唐努烏梁海地區及西伯利亞，南至南海，包括「千里石塘、萬里長沙、曾母暗沙」（即今西沙群島、南沙群島等南海島礁），西南達西藏的達旺地區、雲南省的南坎、江心坡地區等緬甸北部，西盡鹹海與蔥嶺地區，包括今新疆以及中亞巴爾喀什湖，東北抵外興安嶺，包括庫頁島，東南包括台灣、澎湖群島。總面積達1300萬平方千米。
除此之外，許多周邊國家，也都成為清朝的藩屬國，在盛清之時的藩屬有：東邊的朝鮮、琉球，中南半島
有安南（越南）、南掌（寮國）、暹羅（泰國）、緬甸、以及南洋群島的蘭芳共和國，西南有廓爾喀（尼泊爾）、哲孟雄（錫金）、不丹，中亞西亞有浩罕、哈薩克、布魯特、布哈爾、山克、愛烏罕（阿富汗）等藩屬國。不過進入19世紀尤其是近代時期，由於清朝的衰落和列強的入侵，鴉片戰爭以後清朝以不平等條約的形式先後失去了以下領土：
* 香港（1842年至1898年間分批割讓或租借予英國，直到1997年移交予中華人民共和國）
* 外滿洲（包括黑龍江以北約60萬平方千米，以及烏蘇里江以東，包括庫頁島（薩哈林島）在內的約40萬平方千米的領土，分別於1858年和1860年被迫割讓給俄羅斯帝國）
* 新疆極西帕米爾高原（巴爾喀什湖之東南、伊犁以西、以及噴赤河以東的帕米爾等地區約45萬平方千米的領土，於1864年被迫割讓給俄羅斯帝國）
* 台灣和澎湖列島（1895年割讓給大日本帝國，直到1945年第二次世界大戰日本戰敗投降后，台灣和澎湖交由其繼承政權中華民國統治至今）。
地方行政區劃
1892年清朝的領土範圍
1892年清朝的領土範圍
主條目：清朝行政區劃
清朝的地方行政區劃基本沿襲明制，但根據自身實際做了很多改革，如東北三省、西藏、新疆及其它少數民族地區行政區劃和內地不同。
內地行政區劃
清朝繼承元明以來的分省建制，以省為地方上的最高行政區域，下設府、廳、州、縣，構成地方上的省、府、縣三級基本行政系統組織。
乾隆八年（1743年）定順天府之地為四路廳、二十四州縣，州縣隸屬於路廳。設官有兼管府尹事大臣一人，由大學士、尚書、侍郎內特簡。府尹正三品，府丞正四品，俱各一人。府尹總管京畿及四路的政令條教，「以成首善之化」，比一般府尹權力大，品級高，如升調州縣官，可與總督會銜。府丞掌學校政令。屬官有治中、通判，經歷司經歷，照磨所照磨，司獄司司獄，皆漢人。儒學教授，滿、漢各一人：所轄四路廳同知正五品，各一人；州、縣，知州、知縣正七品，俱各一人。大興、宛平二縣並與五城兵馬司分區而治，比外縣高一品級。
天聰八年設盛京，順治元年入關，原來盛京的六部俱廢。自順治十五年至康熙三十年又重建戶、禮、兵、刑、工五部。均置侍郎以下官，稱「盛京五部」。又設盛京內務府，為外地所無。自順治十年設遼陽府，十四年更名奉天府，至光緒三十三年改行省。奉天府所轄地方為府二，興京同知一，直隸廳一、廳二，州五，縣十四。設官有兼領府事大臣一人，由盛京五部侍郎內特簡，后歸盛京將軍兼轄。府尹，滿洲一人；府丞，漢一人，品級同順天府。屬官治中、圍場通判、庫大使、經歷、司獄、巡檢兼司獄、府學教授，俱各一人。府尹主府事，小事決之，大事呈報。
總督為省級的最高長官，全稱為總督某某省等處地方提督軍務、糧餉，或兼巡撫事。清朝一共建立了二十三個省，其中內地十八省為沿襲舊制或以舊製為基礎，其餘在邊境併為清末所置。這些省是：直隸、奉天、吉林、黑龍江、江蘇、安徽、山西、山東、河南、陝西、甘肅、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、台灣、新疆、廣東、廣西、雲南、貴州。其中奉天、吉林、黑龍江、新疆、台灣為後設。理論上總督管兩省或兩省以上的地方軍政事務，尤其側重軍事。雍正元年定總督加銜制，加尚書銜的兼都察院右都御史，從一品：余為兵部右侍郎兼右副都御史，正二品。有清一代，全國共設總督九人，即東三省、直隸、兩江、陝甘、閩浙、湖廣、四川、兩廣、雲貴。此外還在省級地方設有專門管理漕運的漕運總督和治河的河道總督。
總督之下設巡撫，其全稱為巡撫某省等處地方提督軍務兼理糧餉，或節制各鎮，職權很廣泛。有的加侍郎銜，為正二品，否則為從二品。巡撫基本上是管一省，也側重於軍事，但比總督管民政更多，為總管一省軍事、行政、監察及教育在內的高級長官。清朝所設巡撫共二十一人，其中由總督兼的有奉天、直隸等八人，單獨設的有江蘇、安徽等十三人。山東、山西等五省巡撫皆兼提督銜，貴州巡撫兼節制兵馬銜。
各省設提督學政一人，由侍郎或科道進士出身的官員中委任，帶原品級，掌學校和科學考試之政令。
各省設承宣布政使司，簡稱布政使司或藩司。布政使為從二品，每省一人，但江蘇設二人。布政使實際是一省長官，上承朝廷旨令，下帥府、州、縣官，但因有督撫之設，漸居次要。其屬經歷司經歷、都事，照磨所照磨，理問所理問，庫大使、倉大使等，分掌出納文書、照刷案卷、審核刑名以及保存檔案、財政收支等。
各省設提刑按察使司，簡稱按察使司或臬司。按察使一人，正三品，比布政使地位略低，掌司法監察，「澄清吏治」，常與布政使並稱為「布按」。其下設知事掌勘察刑名，司獄檢察囚犯，經歷、照磨所掌同藩司。
各省設道員，正四品，或有專責，或作為布、按副使。專責者有督糧道或糧儲道，簡稱糧道；又有管河道或河工道，簡稱河道。官則有的單設，多數為兼任。其他如驛傳道、海關道、屯田道、茶馬道等，一般由當地同品級官兼道員。作為布、按副使者，有分守道與分巡道。守道由布政使下的參政、參議發展而來，巡道是按察使下副使、金事演變的結果。初設只轄一府，或數道同轄一府，後來有的統轄全省，有的分轄三四府之地。為此，守、巡二道由原來臨時性差使變為固定的地方長官。而且前此守道主管錢穀，巡道側重刑名，久之兩者各加兵備銜，所掌漸趨一致。乾隆、嘉慶時又准其密折封奏，權勢日益加重，以致有人視道為省下、府上一級地方行政機構。實際上道不完全具備地方政府性質，不過是省級行政機構的派生物。
府是省之下的一級地方行政機構。知府為一府長官，從四品，掌總領屬縣，宣布條教，興利除害，決訟檢好。三年一考屬吏，具其優劣上報。一切要政皆需通過督、撫允准乃行。清朝以知府「為承上接下要職」，故嚴諭督、撫對其考核。同知正五品，通判正六品，協助知府，分掌糧鹽督捕，江防海防，河工水利，清軍理事，撫綏民眾諸職。屬官有經歷、知事、照磨、司獄等。
在府之外，同時還有直隸廳、州和一般廳、州。凡統治地方人多並直隸于布政使司的為直隸廳、州，地位與府大致相同。廳設官同知正五品，通判正六品，州設官知州正五品，州同從六品，州判從七品。清朝在全國設有直隸廳四十一個，直隸州七十三個。其外的廳、州，稱為散廳、州，地位略同于縣。至清末，全國已設散廳七十八個，散州一百四十五個。散廳、州設官與直隸廳、州相同，而品級差一等。散廳、州屬府管轄，個別的隸于將軍或道員。
縣是地方基層政權機構。清末全國設一千三百五十八個縣。每縣設官為知縣一人，正七品，縣丞正八品一人，主簿正九品，無定員。知縣掌一縣治理，主要是決訟斷辟，勸農賑貧，討猾除奸，興養立教。縣丞、主簿分掌糧馬、徵稅、戶籍、緝捕諸職。典史掌稽檢獄囚。
少數民族行政區劃
蒙古行政區劃
努爾哈赤起兵時得到蒙古協助，又清朝後宮有大量蒙古嬪妃，八旗中特設蒙古八旗，而外蒙古地區又是清朝前期戰爭頻發地帶，故蒙古區劃與內地和其他少數民族地區均不同。
清朝以大漠為界，將蒙古分為漠南內蒙古和漠北外蒙古，並以此為基礎建立了盟旗制。盟由各部定期會盟而形成的機構，旗是分解原來的部落而組成。旗隸于盟。內外蒙古的盟旗設官基本相同。每盟設盟長、副盟長各一人，掌管盟務。盟長先由各旗會盟時，從旗長即札薩克中推選。後來改為清朝理藩院開列盟內札薩克，由皇帝任命。其外每盟各設備兵札薩克一人，管理軍務。有的盟還設幫辦一二人，協理盟務。旗是軍政合一的地方政權機構，每旗設旗長一人，又名札薩克，掌全旗要務。又設協理副之。其屬有管旗章京、副章京及參領、佐領、驍騎校等官。札薩克等官員多數都是原來蒙古各部落的首領並經清朝封有爵位的王、貝勒、貝子、公、台吉等人。
內蒙古的盟旗是把原來的二十四部，按其活動地區劃分為六盟、四十九旗。具體組合是，東四盟：哲里木盟統十旗，卓索圖盟統五旗，昭烏達盟統十一旗，錫林郭勒盟統十旗；西二盟：烏蘭察布盟統六旗，伊克昭盟統七旗。清朝在這些盟旗之上由理藩院及派駐地方的將軍、都統進行管轄。他們是，盛京將軍監督哲里木盟的科爾沁六旗；吉林將軍、黑龍江將軍監督哲里木盟的郭爾羅斯前旗和杜爾伯特旗等；熱河都統監督卓索圖盟五旗及昭烏達盟十一旗；察哈爾都統主要掌管察哈爾八旗及四牧群，其外監督錫林郭勒盟十旗；綏遠城將軍管轄土默特二旗並監督烏蘭察布盟六旗及伊克昭盟的鄂爾多斯七旗。
外蒙古雖在清入關前已建立了「九白」的常貢關係，但入關后一度受噶爾丹的騷擾，直到康熙平定噶爾丹之後才恢復並確定外蒙各部的牧地。清封各部首領為汗和王、貝勒、台吉等，如內蒙一樣建立盟旗制度。其各部所組合的盟旗是：喀爾喀四部及附額魯特、輝特部四盟、八十六旗；杜爾伯特部及附輝特部二盟、十六旗；新土爾扈特一盟、三旗。此外札哈沁、明阿特、烏梁海部等，雖也有旗之設，卻不屬於外蒙古各盟。清朝對外蒙古盟旗的管轄，中央有理藩院的典屬、柔遠清吏司等機構，地方上有駐防將軍或大臣等。其中定邊左副將軍(或稱烏里雅蘇台將軍)為當地最高統治者，下設烏里雅蘇台參贊大臣二人，一人由蒙古王公擔任，與將軍共同管轄喀爾喀諸部盟旗。科布多參贊大臣及幫辦大臣管轄杜爾伯特、輝特、新土爾扈特等盟旗及札哈沁、阿明特、烏梁海等旗。庫倫辦事大臣掌中俄交涉事務，其屬恰克圖辦事司員一人，負責監督中俄貿易。
青海主要為蒙古額魯特部居牧之地，共分五部、二十九旗。即：和碩特部二十一旗、綽羅斯部二旗、輝特部一旗、土爾扈特部四旗、喀爾喀部一旗。還有察罕諾門汗部自編一旗。每旗各設旗長，掌治一旗，屬官之設如內蒙古。旗之上，青海各部與察罕諾門汗部一旗共會一盟，但是不設盟長，而以清朝駐西寧辦事大臣蒞盟統轄之。道光三年(1823年)又分河北二十四旗為左右翼，每翼設正、副盟長各一人。
西藏行政區劃
清代稱藏族為圖伯特，或唐古特，所居地區分為衛(前藏)、唐(又稱喀木)、藏(后藏)、阿里四部。崇德年間達賴及班禪已派人貢于清朝，經康熙至乾隆，先後平定噶爾丹叛亂及其所造成的影響，清朝在西藏便建立了政教合一的制度。當地的最高統治者為達賴喇嘛，駐前藏拉薩，掌全藏政令。班禪喇嘛，駐后藏扎什倫布，掌后藏寺院與其教民。達賴和班禪的宗教政治地位是平等的。達賴與班禪個人之間互為師徒，關係頗為密切。班禪方面：一世班禪為一世達賴之師；四世班禪為四世、五世達賴之師；五世班禪為六世、七世達賴之師；六世班禪為八世達賴之師；七世班禪為九世、十世、十一世達賴之師；八世班禪為十三世達賴之師。達賴方面：五世達賴為五世班禪之師；七世達賴為六世班禪之師；八世達賴為七世班禪之師；十三世達賴為九世班禪之師。
前藏行政機構主要有噶廈和商上。噶廈為總管藏務會議廳，設三品官噶布倫四人。商上為分管財政的機構，除以噶布倫一人管理外，設四品仔琫三人，商卓特巴二人。還有專掌糧務的葉爾倉巴、掌道路的朗仔轄、掌刑名的協爾幫、掌馬廠的達琫及第巴等四至七品的各種名目官員。后藏也設四品商卓特巴、葉爾倉巴，五品達琫等官員，掌管相應的政務。武官則有四至七品的戴琫、如琫、甲琫、定琫，從幾人至百多人。凡前後藏皆有營寨，按其地理險易和大中小，各設邊營官及營官，總計一百六十餘人。佛教在西藏盛行，喇嘛很多，有的喇嘛在噶廈、商上任職，而僧官又分國師、禪師、札薩克大喇嘛、札薩克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛等，專掌教事。
清朝在西藏設官始於雍正五年，派駐藏大臣二人，駐前藏，統管前後藏地方及喇嘛事務。后改為辦事大臣、幫辦大臣各一人，分駐前後藏。按規定，駐藏大臣督辦藏內事務與達賴、班禪地位相等，實際駐藏大臣職權更大，是清政府的代表。達賴、班禪及以下呼圖克圖十八人、沙布隆十二人等活佛轉世，稱為「呼畢勒罕」，即奔巴金瓶掣籤，均由駐藏大臣監督。
新疆行政區劃
清政府在新疆實行盟旗制和伯克制。清末建省之前，曾就額魯特舊土爾扈特部與和碩特部的實況，如內蒙設盟旗制。即：舊土爾扈特部為盟四，和碩特部為盟一。盟下為旗。每盟設正、副盟長各一人，旗設旗長(札薩克)一人，掌盟、旗政令。但是盟長由清朝政府任命，旗長則基本是世襲。此外新疆大部分地區為維吾爾族居住，清代稱為「回部」。哈密、吐魯番率先歸服，曾設旗，部長被授札薩克。自康熙至乾隆平定回部諸亂之後，在這些地區不設札薩克，而實行伯剋制。伯克原來是回部的酋長，經清朝重新任命，按職責和品級稱某某伯克，共三十余名目。最高的為阿奇木伯克，掌綜回務，三品至六品，其次為伊什罕伯克，掌贊理回務。四品至六品。其餘分掌地畝、田糧、稅務的，大抵四品至七品。在清朝所封的札薩克郡王和諸伯克之上，清朝還派駐了伊犁將軍，掌天山南北最高軍政大權，下設參贊大臣一人輔之。又設塔爾巴哈台參贊大臣，喀什噶爾參贊大臣及幫辦大臣，葉爾羌辦事大臣及幫辦大臣，和闐、阿克蘇、烏什、庫車、喀喇沙爾辦事大臣等，以及烏魯木齊都統、副都統，分管所在回城事務。
其他少數民族地區
甘肅、青海、西藏、四川、雲南、廣西、貴州等地，歷來居住蒙、藏、瑤、壯、彝、黎等少數民族。清朝根據這些地區的特點，以當地的土著人作各級行政機構的長官，清朝政府予以承認，但是當官的人可以世襲，這就是土官制。有文武兩類，文官如知府、知州、知縣等，皆加「土」字。武官有指揮使司指揮使、長官司長官。從正三品至正七品。此外還有土游擊、土都司、土守備等。清朝定製，文職土官共七階，武職土官共五階。其承襲、革除、升遷、降調，文隸吏部，武隸兵部。在地方上各歸所在總督、巡撫或駐紮大臣、辦事大臣等統轄。
國旗與國歌
1888年後的大清國旗與中國歷史上的其它朝代一樣，清朝本來並無法定的國旗與國歌。近代以後，隨著清朝與西方國家的交往，清朝逐漸引入西方國家的一些概念，其中就包括國旗與國歌。1888年（光緒十四年），清政府認定「黃底藍龍戲紅珠圖」（即俗稱的「黃龍旗」）為大清國旗。19世紀後期至20世紀初，清朝曾先後使用《普天樂》、《李中堂樂》、《頌龍旗》作為半官方國歌或代國歌。直到1911年，清政府定《鞏金甌》為正式國歌，不過由於辛亥革命的爆發，《鞏金甌》後來沒有流行開來。
清朝間的武裝起事
據統計，整個清朝期間，武裝起事曾多次發生，而且部分起事規模較大。其中較大的有：
* 1646—1683 東南明鄭
* 1673—1681 三藩之亂
* 1796—1805 川楚白蓮教起事
* 1851—1864 太平天國
* 1852—1868 捻軍
* 1895—1911 興中會/同盟會
這些起事的原因有多方面，如南明殘餘勢力的抵抗或明朝降將的叛亂（東南明鄭、三藩之亂）、清政府的腐敗和剝削（川楚白蓮教起事、太平天國、捻軍），以及清末反滿革命力量的發展（興中會/同盟會）。
另外雲南、陝西、甘肅、新疆等地的穆斯林也多次發生民變或起事，如陝甘回變。這些基本上以西部少數民族為主，雖然波及不如上面那麼大，但是許多都持續了十幾年。
與西方傳教士的交往
湯若望像清朝入關之初，對定居中原的西方傳教士採取禮遇態度。其中，順治帝特別倚重德國耶穌會士湯若望，並尊其為「瑪法」（滿語「爺爺」的意思）。順治帝多次向湯若望學習天文、曆法、宗教等知識，以及治國之策。不久湯若望成為「欽天監」的負責人，掌管國家天文。在隨後的一百多年前，「欽天監」皆由耶穌會士掌管。由於需要新的曆法，清政府遂下令根據湯若望所著的《西洋新法曆書》，制定新曆法並頒行全國，名為時憲曆。清朝初年和西方傳教士的廣泛交流為清朝皇帝了解和學習西方技術開啟了一扇窗戶。
順治帝在世的時間，安徽人楊光先就多次指責湯若望地用西洋曆法替代中國本土曆法，是別有用心、蔑視大清之舉。但由於順治帝對湯若望的倚重，楊光先的指責未得到重視。順治帝去世后，楊光先再次誣告湯若望，結果輔政大臣鰲拜等人定湯若望死罪，直到後來才被放出。湯若望去世后，比利時耶穌會士南懷仁接管「欽天監」。不久楊光先又誣告南懷仁。這時康熙帝已親政，他對西方的科學技術，包括數學、天文、地理、光學、醫學、解剖學等都有較大的興趣。為了公開驗證楊光先與南懷仁的是非，他於是多次召楊光先與南懷仁到宮中當眾測驗，結果證明南懷仁正確，楊光先錯誤。結果湯若望被平反，而楊光先被免職。這使得耶穌會士獲得了更大的榮譽。
然而，17世紀末至18世紀初，天主教內部發生了「禮儀之爭」。羅馬教宗下令禁止教區內的傳教士使用耶穌會的中文詞彙「天」和「上帝」 來稱呼天主，也禁止中國教友敬孔敬祖。這與當初義大利傳教士利瑪竇以及其後的傳教士在中國傳教時所採取的本土化政策截然相反。清政府對此十分不滿，認為這樣做有違中國敬孔祭祖的傳統。康熙帝于1700年批示說：「敬孔敬祖為敬愛先人和先師的表示，並非宗教迷信」。然而羅馬主教則認為：在有關信仰問題上，神學界比中國皇帝更具權威。雙方爭持不下，最後清政府發出了「禁教」令，規定「不準不守『利瑪竇的規矩』的傳教士在中國地面繼續行教」。1722年雍正帝即位后，下令對天主教奉行全面禁教政策，而多數傳教士也因此被迫離開中國。這樣清朝初年中西文化的交流就此中斷。
對外政策
清朝建立伊始，清政府為了禁止和截斷東南沿海的反清勢力與據守台灣的鄭成功部的聯繫，以鞏固新朝的統治，曾於順治十二年（1655年）、十三年（1656年）、康熙元年（1662年）、五年（1666年）、十四年（1675年）五次頒布禁海令；並於順治十七年（1660年）、康熙元年（1622年）、十七年（1678年）三次頒布「遷海令」，禁止人民出海貿易，這延續了明朝中葉以後的海禁政策。
1683年清朝攻佔台灣後，康熙接受東南沿海的官員請求，停止了清初的海禁政策。但是康熙的開海禁是有限制的，其中最大的限制就是不許與西方貿易。康熙曾口諭大臣們：「除東洋外不許與他國貿易」，並說：「海外如西洋等國，千百年後中國恐受其累，此朕逆料之言」。而且此時日本的德川幕府為了防止中國產品對日本的衝擊，對與清朝的貿易也採取嚴格的限制。因此，此時的海外貿易與明末相比，已經大為衰弱。
到了乾隆以後，清朝開始實行全面的閉關鎖國政策，一開始是四口通商，到後來只有廣州開放對外通商，且由十三行壟斷其進出貿易。清朝的閉關鎖國政策在很大程度上阻礙了中國與西方世界的接觸，當時西洋的科技發展蓬勃，漸漸地超越了以土耳其（奧斯曼帝國）為首的伊斯蘭世界和以中國（清朝）為首的東方世界。
有關清朝的爭議
作為中國歷史上最後一個君主制政權也是離現代最近的一個皇朝，同時又是一個與中原地區相比相對落後的部族（一說處於奴隸制）擊敗傳統的「華夏民族」（主要指漢族）而建立的政權，清朝有其特殊性，長期以來存在大量爭議。
主流觀點
有關清朝在中國歷史上的地位存在爭議。一部分人認為，后金是明朝的地方割據政權，而清朝自入關以來積極推行儒家思想，定國號大清，定都於中原的北京；同時清朝基本上保留了原先明朝的統治機構來統治人民，並以儒家傳統和中原正統的繼承者自居；清朝由於大量開墾土地以及一系列有效措施，使得中國人口大幅增長，達到前所未有的四億。辛亥革命后清朝被中華民國所承繼，因此清朝是中國的一個正統朝代。在近代清朝與西方國家的外交文件和公文中也往往以「中國」來指代清朝，並在國際上作為中國的代表。同時，清朝初期和中期打下的領土也奠定了今日中國版圖的基礎。這種觀點目前為中華人民共和國以及中華民國歷史教科書所認同，尤其在20世紀九十年代之後屬於官方主流觀點。
其他觀點
不過有部分人不同意這種看法。這些人認為，清朝（或稱滿清）是在代表中國「正統」的明朝滅亡後，在中國土地上建立起來的外國或外族殖民政權，此時中國處於亡國時期，清朝史是中國的殖民史。女真故意用清的三點水來克明的日，並在月上用一個主來壓。持此觀點的人所認為的「中國」是代表漢族為主的華夏民族的中國（即華夏中國），而「外族」是以華夏為本位稱呼明末當時被視為「蠻夷」的滿族。這些人認為滿清入關前後對明時期的中國人進行的一系列的屠殺與奴役與日本當年的侵華行為無論在殘烈程度還是後續惡劣影響方面並無二致。以落後部落政權取代南宋並實行民族等級制度的元朝（蒙元）也同樣被這些人認為是華夏中國的亡國時期。同樣，北魏、北周、後唐、後晉、後漢等鮮卑、沙陀的政權也並非華夏中國的政權。清朝統治者為保持滿族的絕對統治地位，先入關時實行剃髮易服（用血腥手段強迫華夏各族從剃髮留辮的滿俗，一改華夏中國外在形象）、圈地，以及對抗清軍民的屠殺（如江南等地的屠城），得到統治權后則在精神和思想上進行非常嚴格的鉗制（文字獄），並建立了八旗貴族壟斷社會財富的經濟系統（即所謂的「鐵桿莊稼」）。清立國之初即定滿語為國語（後期指漢語普通話），初葉至中葉的官方文件有相當一部分以滿文（清字）書寫，如尼佈楚條約的正式條約僅有滿、俄、拉丁三種文本，而足以代表華夏中國的漢文版本僅在刻制的界碑中使用（碑文共有滿、漢、蒙、俄、拉丁五種文本）。
史學家觀點
錢穆的觀點：近代國學、歷史學家、教育家錢穆在其作品《中國歷代政治得失》中，提出清代政治最大的弊病為部族政治。錢穆這樣寫道：「尤其是清代，可說全沒有制度。它所有的制度，都是根據著明代，而在明代的制度里，再加上他們許多的私心。這種私心，可說是一種「部族政權」的私心。一切有滿洲部族的私心處罰，所以全只有法術，更不見制度。 ……總之清代在制度上，實在也沒有幾項值得我們今天之再稱道。」
章太炎的觀點：近代國學大家、思想家、民族主義革命家章太炎認為「滿清和蒙元」的歷史應該歸到「四夷列傳」，並寫有《正仇滿論》中間諸如「進不知政 退不知農商」、「無一不足以喪吾大陸」等觀點。
柏楊的觀點：歷史學家、思想家柏楊在《中國人史綱》一書中有如下敘述：「滿洲人仿效明王朝的模式，建立了一個絕對專制的極權體制，……但是歷史上極少出現的英明君主，忽然接連著出現時，政府的功能卻可充分發揮。清王朝皇族來自遼東簡單樸實的社會，嬪妃宦官以及宮廷費用，都大量減少。宦官時代從此成為陳跡，無力再現。比起明王朝和更早的蒙古帝國統治時代，這一百餘年間的中國人民，好像活在天堂。而清政府為中國增加的領土，超過從明王朝承襲下來的中國領土的四倍。」
黃仁宇的觀點：歷史學家、明史專家黃仁宇在《中國大歷史》一書中有如下敘述：「……漢滿兩方缺乏永久的仇恨……民族主義其實是近代社會的產物……在十七、十八世紀，滿清無意將中國傳統作大規模更動，漢人也未曾覺得他們的文物整個地被威脅，所以受激動的仍在全人口中佔極少數。」黃氏提出，近代對清朝的看法，是受到近代社會的影響。
李敖的觀點：中國近代史學家、作家、時事批評家李敖在其作品《北京法源寺》中寫道：「漢族人說滿族是異族、是夷狄的說法是不對的。因為大家都是中國人。古代中國小，中原地區只是河南、山西這些地方，那時大家以為除了這地方的人，其它都是異族，其實都是老祖宗們的瞎扯淡！並且異族的範疇和定義，也因扯淡的扯法不同而一改再改。」他隨後講述了中國歷史上從周朝至近代時期為止人們對「異族」的範疇和定義的不斷變化和發展，來說明滿族並非異族或夷狄，而是其實都是中國人。
政治家觀點
孫中山的觀點：由於孫中山本人意圖推翻滿清政權，並多次領導反清的武裝起事，所以在對清朝的評論上他和清末其他革命黨人態度類似，具有漢民族本位及排滿思想，以號召人民響應。不過他較著眼於清政權統治方式上的缺失，並引入西方價值的觀點來批評。孫中山曾於1904年纂文列舉了行政措施、結社和言論自由、苛捐雜稅等十一條罪狀。
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